העדויות הראשונות להתיישבות בני האדם בפרו הן מסביבות שנת 9500 לפני הספירה, אז החלו להתפתח תרבויות אינדיאניות פרה-קרמיות במחוזות החופיים של פרו. הבולטות מבין תרבויות אלה היו תרבות הצ'יקו הצפונית ותרבות הצ'אווין. האימפריה הגדולה והמשפיעה ביותר שקדמה לאינקה הייתה אימפריית ההוארי, שהתקיימה בין השנים 600 ל-1200 לספירה.


לבני האינקה, שהקימו את האימפריה שלהם במאה ה-15, יצא מוניטין עולמי כבעלי תרבות מרתקת וייחודית להם. לאחר שפיסארו, נציג הכיבוש ההיספני, תפס את השלטון ב-1533, הפכה פרו לנקודה מרכזית עבור משלחות כיבוש ומשלחות מתיישבים מספרד, ומאירופה בכלל. מהנמלים שלה יוצאו סחורות לספרד וכשהגיע המשנה למלך ספרד הוא קבע את מקום מושבו בלימה.


בתחילת המאה ה-19 החל תהליך שיחרורן של מדינות דרום אמריקה מהשלטון הקולוניאלי הספרדי. חוזה דה סן מרטין אירגן צבא שכבש את ארגנטינה, צ'ילה ופרו. ב-28 ביולי 1821 הוכרזה עצמאותה של פרו אך רק בשנת 1824, לאחר הניצחון של גנרל סוקרה נגד הספרדים בקרב אייקוצ'ו, סולקו המלוכנים סופית ופרו מימשה את ריבונותה על כל שטחה. הניסיון של הגנרל סנטה קרוז לאחד את פרו עם בוליביה נכשל ב-1839 בשל התנגדותה של צ'ילה.


בין השנים 1864 ו-1866 התחוללה מלחמת איי צ'ינצ'ה  בין ספרד לבין פרו וצ'ילה, שהסתיימה בנסיגת הספרדים והכרה בעצמאותה של פרו. ב-1877 פרצה "מלחמת האוקיינוס השקט" בין פרו ובוליביה כנגד צ'ילה על מרבצי המלחת. המלחמה נמשכה עד 1884 ובסופה פרו הובסה, לימה נכבשה למשך שנתיים וחוזה אנקון שנחתם ב-1884 אילץ את פרו להעביר את מחוזות אריקה וטקנה, העשירים בניטרטים, לידי צ'ילה. המלחמה גרמה לפגיעה קשה בכלכלת המדינה.


בתחילת המאה ה-20 שליט פרו אוגוסטו לגיה הסדיר את יחסי החוץ של פרו עם שכנותיה ובתקופתו התפתחה המדינה מאד. החל ממלחמת העולם השנייה גדלה השפעת ארצות הברית על פרו וחל פיתוח של אוצרות הטבע, אך נותר ואף התרחב הפער הגדול בין העשירים בעלי הקרקעות לבין ההמון העני. בשנות ה-80 אירעו מספר מקרים של התקוממות ומקרי אלימות של האינדיאנים, בעיקר באזור אייקוצ'ו, כנגד הדומיננטיות של לימה. בקרבות בין אנשי גרילה מהשמאל לבין כוחות הממשלה נהרגו אלפי אנשים. בינואר 1995 פרצו קרבות לאורך הגבול השנוי במחלוקת עם אקוודור (כהמשך של מלחמה שפרצה בשנת 1941. ב-1999 המדינות חתמו על הסכם שלום.


ב-1992 המדינה ניצבה על סף משבר פוליטי גדול שנגע למעשי השחיתות של הנשיא אלברטו פוג'ימורי. כך גם במשבר החוקתי של 2019 שנולד לאחר מאבק בין תומכי פוג'ימורי (הפעם בתו, שנעצרה בחשד למעורבות בשחיתות) והנשיא המכהן מרטין ויסקרה.

פרו