צבע ההיפופוטם הוא חום-אדמדם ואפור. גופו גדול וכבד . עורגופו מאוד עבה (כחמישה סנטימטרים), ומתחתיו יש שכבת שומן עבה גם היא. ראשו של ההיפופוטם די גדול ובחלקו העליון עיניים קטנטנות, אוזניים קטנטנות ונחיריים המוקפים בזיפים קצרים. חושי הראייה, השמיעה והריח של ההיפופוטם מפותחים מאוד.