מסביבות שנת 450 לפני הספירה התיישבו הקלטים בסלובקיה ובנו יישובים בין השאר בברטיסלאבה ובליפטוב. מטבעות כסף הנושאים שמות של מלכים קלטים הם הממצא הארכאולוגי הכתוב הקדום ביותר שנמצא בסלובקיה. משנת 6 לספירה נבנו עמדות קדמיות של האימפריה הרומית לאורך הדנובה בתוך סלובקיה. באותו זמן, התגוררו בחלקים אחרים של סלובקיה שבטים גרמאנים אשר כונו על ידי הרומאים ברברים. בין השנים 20–50 לספירה התקיימה ממלכה בשם "וואניוס" של השבט הגרמאני קוודי במערב ומרכז סלובקיה.


השבטים הסלאבים התיישבו באזור מהמאה החמישית. בין השנים 623–658 התקיימה במערב סלובקיה ממלכתו של סאמו, השלטון העצמי הסלובקי הראשון. במאה השמינית נוסדה המדינה הסלאבית הראשונה, נסיכות ניטרה, שמרכזה היה בעיר ניטרה שבמערב סלובקיה. נסיכות ניטרה התרחבה עם השנים וכללה בשיאה את רובה של סלובקיה ושטחים של הונגריה. בשנת 833 הובסה נסיכות ניטרה על ידי נסיכות מוראביה, והממלכה המשותפת כונתה מורביה הגדולה. אף על פי שלהלכה היו מאוחדות, זכו שליטי נסיכות ניטרה, שהיו מוראבים לאוטונומיה רבה על גבול העצמאות. החל מהמאה ה-11 סופחה סלובקיה לממלכת הונגריה ועקב פיתוחה היחסי לקחה חלק מוביל בממלכת הונגריה. למשך קרוב למאתיים שנה נוהלה סלובקיה כחבל אוטונומי בשם נסיכות ניטרה בתוך הממלכה ההונגרית. בתקופה זאת האוכלוסייה של ממלכת הונגריה התערבבה, כאשר סלובקים התיישבו בחלק הצפוני של הונגריה וגרמנים, ולאכים והונגרים התיישבו בסלובקיה. בשנת 1241 פלשו המונגולים לסלובקיה והביאו לרעב גדול שהוביל למות חלק ניכר מאוכלוסיית סלובקיה.


בשנת 1461 הקים מתיאש הוניאדי מלך הונגריה אוניברסיטה בבראטיסלבה, אך האוניברסיטה לא האריכה ימים.


כאשר האימפריה העות'מאנית כבשה חלקים מהונגריה, עברה בירת ממלכת הונגריה לבראטיסלבה. עזיבת העות'מאנים את הונגריה במאה ה-18 הביאה לירידת קרנה של סלובקיה. בתחילת המאה ה-19 נכנסה סלובקיה ביחד עם ממלכת הונגריה לתוך האימפריה האוסטרית. במהלך אביב העמים בשנים 1848–1849, תמכו הסלובקים בקיסר אוסטריה, בתקווה לפרוש מהחלק ההונגרי (ממלכת הונגריה) של האימפריה האוסטרית, לתוך החלק האוסטרי, אולם הדבר לא עלה בידם. עם הקמת האימפריה האוסטרו-הונגרית בשנת 1867 והכללת סלובקיה בתוכה, סבלו הסלובקים ממדיניות דיכוי שנועדה להטמיע את הסלובקים בתוך העם ההונגרי. בתי הספר התיכוניים בסלובקיה נסגרו בשנים 1874–1875, והשפה ההונגרית נכפתה על הסלובקים.


בעקבות תוצאות מלחמת העולם הראשונה פורקה האימפריה האוסטרו-הונגרית וב-1918 צורפה סלובקיה למוראביה ובוהמיה ליצירת צ'כוסלובקיה. בעקבות הסכם מינכן ובוררות וינה הראשונה בשנת 1938 וביטול האוטונומיה הסלובקית ב 1939, הכריזה סלובקיה על עצמאות ב 14 במרץ 1939, אך למעשה הייתה גרורה של גרמניה הנאצית. יום לאחר הכרזת העצמאות נכבשה צ'כיה והבירה פראג על ידי הגרמנים.


לאחר מלחמת העולם השנייה כוננה מחדש צ'כוסלובקיה כדמוקרטיה. אולם בשנת 1948 תחת הכיבוש הסובייטי הפכה למדינה קומוניסטית המקורבת לברית המועצות. השלטון הקומוניסטי הופל במהפכת הקטיפה בשנת 1989. בשנת 1992 הוביל ראש הממשלה ולדימיר מצ'יאר מהלך של הפרדה מהרפובליקה הצ'כית ובעקבותיו פוצלה המדינה הפדרלית של צ'כיה וסלובקיה, בדרכי שלום, באופן רשמי ב-1 בינואר 1993. ב-1 במאי 2004 הצטרפה סלובקיה לאיחוד האירופי.

 
סלובקיה